تعتبر عملية ميكنة المكتبات الجامعية المصرية من الركائز الأساسية لتطوير إمكانيات تلك المكتبات، لذلك تسعى وحدة المكتبات الرقمية الى ميكنة إجراءات العمل بالمكتبات الجامعية المصرية. ويسعى مشروع ميكنة المكتبات الجامعية الى بناء مرفق ببليوجرافي لمكتبات الجامعات المصرية من خلال ميكنة إجراءات العمل بتلك المكتبات. ونظراً لان الفهرس هو العمود الفقري لكل إجراءات العمل في المكتبات ومشروعات الميكنة، فإن المشروع يهدف الى بناء فهرس موحد لمقتنيات المكتبات، لما للفهرس من تأثير مباشر على تحقيق فعالية وعائد التكلفة من مقتنيات وخدمات المكتبات الاكادمية كما يساعد على تقديم العديد من خدمات المعلومات التعاونية مثل الاقتناء التعاوني وتبادل الإعارة بين المكتبات والفهرسة التعاونية ... الخ.
من ثم فهذا المشروع يهدف الى بناء برنامج تعاوني بين المكتبات ويساعد على ترشيد النفقات و تحقيق اعلى معدلات الفعالية في الإفادة من مصادر المعلومات المتاحة بالمكتبات الجامعية المصرية